Innehåll
När du har kört DNA-prover på en agarosgel och tagit en bild kan du spara bilden för senare, då kan du analysera resultaten och tolka dem. Vilka saker du letar efter beror på ditt experiment. Om du gör DNA-fingring, till exempel, kommer du att jämföra storleken på bitar av DNA från två prover - från misstänkt och från ett brottsplatsprov, kanske. Om du arbetar med plasmider från bakterier, kan du däremot behöva se till att plasmiden innehåller skäret. Följaktligen beror hur du tolkar din gel delvis på det experiment du gjorde. Det finns dock några allmänna regler du kan tillämpa.
Med början från toppen av bilden, mät avståndet till varje band i "standard" -fältet på din gel (aka stegen). Standardfältet innehåller DNA-bitar vars storlek redan är känd, så du bör redan veta storleken på varje innan du börjar ditt experiment. Mät också avståndet som banden har färdats i var och en av provbanorna.
Dela avståndet varje standard och varje band i proverna som reser sig med avståndet till gelens botten. Resultatet kallas den relativa rörligheten. Du kan använda kalkylprogrammet för att göra aritmetik för dig om det kommer att göra detta steg snabbare.
Ange den relativa rörligheten och storleken på varje standard i ditt kalkylarkprogram, använd sedan kalkylprogrammet för kalkylprogram för att skapa en graf för denna data med relativ rörlighet på x-axeln och storleken på y.
Anpassa en linje till diagrammet med hjälp av olinjär regression. Se ditt hjälpavsnitt för kalkylprogram om du behöver veta hur du gör det. Du bör sluta med en ekvation, kanske en som liknar följande:
y = (0,3) x ^ -2,5
Observera att x här är den relativa rörligheten, medan y är storleken. Observera också att din ekvation kan ha helt olika siffror för exponenten och koefficienten - denna ekvation tillhandahålls bara som ett hypotetiskt exempel.
Ta den relativa rörligheten för banden från ditt prov och anslut det till x för att beräkna storleken på DNA-bitarna i provbanden.
Anta att ekvationen härledd av ditt kalkylbladsprogram var verkligen y = (0,3) x ^ -2,5, och den relativa rörligheten för ett visst provband var 0,68. Att ersätta 0,68 i din ekvation, hittar du följande:
y = (0,3) (0,68) ^ - 2,5
Med din kalkylator höjer du 0,68 till -2,5 och hittar följande:
y = (0,3) (2,62)
y = 0,786
vilket då skulle vara den uppskattade storleken i kilobaser av DNA i ett av banden från ditt prov.
plasmider
Observera att du kanske eller inte behöver använda instruktionerna i det här avsnittet. Agarosgelelektrofores används ofta för att bekräfta att en plasmid innehåller en given insats. Om du inte arbetar med plasmider kan du hoppa över det här avsnittet. Men om du är det, kan du följa dessa instruktioner.
Lägg märke till att om du arbetar med oklippta eller nickade plasmider kan du inte uppskatta storleken med hjälp av proceduren från avsnitt 1 ovan. Det är därför att oklippta och nickade plasmider migrerar med olika hastigheter från linjärt DNA.
Jämför antalet band i varje körfält. Kom ihåg att ett restriktionsenzym skär DNA på platser där en given sekvens som kallas restriktionsstället förekommer. Om ett prov behandlades med TWO restriktionsenzymer, båda båda bör finnas närvarande för bandet och ett band för återstoden av plasmiden. Det är därför att skäret kommer att flankeras av två restriktionsställen, var och en för ett annat enzym, så skär på båda dessa ställen kommer att frigöra skäret från plasmiden. Ett snitt på endast ett ställe, däremot, omvandlar plasmiden till linjärt DNA. Ett provskuret utan restriktionsenzymer eller ett restriktionsenzym bör då innehålla ett enda band, medan ett provskär med två restriktionsenzymer bör innehålla två band.
Se upp för band skapade av nickad plasmid-DNA. En nickad plasmid har endast ett snitt i en enda tråd, så den vandrar långsammare än en skuren plasmid. Klippta plasmider vandrar i sin tur långsammare än oklippt DNA.
Uppskatta storleken på skäret med hjälp av proceduren som beskrivs i avsnitt 1 och bestäm om det stämmer med dina förväntningar (vilket kommer att variera beroende på experimentet.)