Innehåll
- TL; DR (för lång; läste inte)
- Vad är elektrofores?
- Otillfredsställande gelberedning
- För mycket prov
- Exempel på dålig kvalitet
Har du någonsin undrat hur forskare studerar små fragment som ditt DNA? En metod är gelelektrofores. Medan elektrofores vanligtvis producerar tydliga, lättlästa band som är perfekta för vetenskaplig tolkning, dunker resultaten ibland upp data.
TL; DR (för lång; läste inte)
Gelelektrofores gör det möjligt för forskare att visualisera smälta prover och mäta storleken på fragmenten. Smetningsresultat från felaktigt beredda agarosgeler, laddning av ett outspätt prov i brunnarna eller användning av prover av dålig kvalitet.
Vad är elektrofores?
Gelelektrofores är ett sätt för forskare att visualisera smälta prover av små molekyler som DNA och uppskatta storleken på dessa fragment. För att utföra elektrofores förbereder forskare en gel genom att suspendera agaros i kokande vatten. Den resulterande polymerisationen producerar korsade sockerpolymerer så att gelén ser lite ut som en spindelväv på kemisk nivå.
Forskare använder ett skärinstrument för att bilda brunnar i gelen så att de kan ladda mycket små mängder smälta prover i brunnarna. Att slå på maskinen får elektricitet att löpa genom gelén och fragmenten i proverna börjar röra sig från brunnarna till andra sidan av gelén. Eftersom gelén är banliknande, reser mindre fragment snabbt genom matrisen, medan större fragment tar längre tid att klättra genom matrisen. När den är klar innehåller gelén mörka band som representerar hur långt olika fragment reste. Forskare mäter dessa band och använder en logaritmisk beräkning för att bestämma storleken på varje fragment baserat på hur långt det vandrade.
Forskare hoppas på tydliga band, men ibland smetar banden. Denna smetning är vanligtvis resultatet av dåligt beredda geler, laddning av outspädda prover i brunnarna eller prover av dålig kvalitet.
Otillfredsställande gelberedning
När det gäller smetade resultat är en trolig skyldige en dåligt beredd gel. En tillfredsställande gelpolymerisation jämnt, vilket ger en enhetlig matris genom hela gelén i gjutbrickan. Om en del av gelén - vanligtvis den nedre halvan - ställer in sig innan forskaren avslutar att hälla hela brickan, blir den resulterande gelén ojämn och ger smutsiga resultat.
För mycket prov
Innan prover laddas i brunnarna måste dessa prover spädas tillräckligt för att rinna igenom gelén utan att överfylla brunnarna. Om ett laddat prov är för koncentrerat eftersom forskaren glömde att späda ut det eller använde en felaktig utspädningsfaktor, kommer fragmenten att vara för stora för brunnarna och ge smetning.
Exempel på dålig kvalitet
Smetning resulterar också från dålig provkvalitet. Till exempel kan ett DNA-prov som är kontaminerat med protein eller innehåller för mycket salt producera smetning. Degraderade eller denaturerade prover ger också dåliga resultat, inklusive smetade band.
Gelelektrofores är ett fantastiskt sätt för forskare att visualisera smälta prover och bestämma fragmentstorlek. Noggrann framställning av både gelén och provet minimerar möjligheten att smeta och ger tydliga band idealiska för vetenskaplig tolkning.