Innehåll
- Hur gelelektrofores fungerar
- En grundläggande elektroforesprocedur
- Bestämma längder av okända fragment
När det gäller att mäta längden på DNA-fragment, som är mycket mindre än celler, behöver mikrobiologer ett trick, och det mest lämpliga är gelelektrofores. Denna metod förlitar sig på det faktum att DNA-fragment laddas, och det är ett alternativ till dyrare metoder, såsom röntgenkristallografi, som var ansvarig för upptäckten av dubbel-spiralstrukturen hos DNA.
Hur gelelektrofores fungerar
Eftersom DNA-molekyler laddas påverkas de av en elektrisk ström. När du sätter dem i en neutral gel och placerar en ström över gelén, migrerar molekylerna mot den positiva elektroden (anoden). Eftersom DNA-molekyler med olika storlekar har samma laddning, reser de mindre snabbare, så denna process separerar molekylerna i band som kan jämföras med prover med kända storlekar.
En grundläggande elektroforesprocedur
Gelén är vanligtvis tillverkad av agaros, en polysackarid som vid upphettning i en buffertlösning bildar en halvfast, svagt porös gel. I ena änden bildar gelen små indragningar som kallas brunnar där forskaren placerar DNA-proverna som studeras, tillsammans med referensprover med känd längd, kallad en DNA-stege. Stegfragmentens längder har förutbestämts med en annan metod, såsom röntgenkristallografi.
När gelén nedsänks i en ledande lösning och spänning appliceras börjar fragmenten att migrera genom gelen - de mindre först och de större, långsammare bakom. De bildar sig så småningom till spektralliknande band beroende på storlek.
När detta inträffar stänger forskaren av strömmen, infuserar gelén med ett DVA-bindande färgämne och undersöker proverna under ultraviolett ljus. Med hjälp av stegen som referens kan forskaren bestämma storleken på vart och ett av fragmenten i ett synligt band. Endast band är synliga - enskilda DNA-fragment är för små för att se.
Bestämma längder av okända fragment
Chansen är inte varje band i ett prov ihop med ett band på stegen, så för att bestämma storleken på dessa okända fragment plockar forskare vanligtvis en graf. På x-axeln är avståndet för varje band i stegen i millimeter, medan på y-axeln är storleken på varje band. När punkterna är anslutna med en kurva kan storleken på vilket band som helst extrapoleras från kurvan efter mätning av det avståndet som bandet har kört i millimeter.