Innehåll
Vid gelelektrofores separeras prover av DNA eller proteiner - typiskt baserat på storlek - genom att applicera ett elektriskt fält som får dem att migrera genom en gel. Användningen av gelelektrofores är rutinmässigt i biomedicinska forskningslaboratorier och används för att besvara en mängd olika frågor, så det finns verkligen inte ett universellt sätt att analysera resultaten.
Olika tekniker som Western blotting, Northern blotting och Southern blot, till exempel, involverar alla gelelektrofores.
Om du gör agarosgelelektrofores av DNA-prover, den vanligaste typen av procedur, måste du vanligtvis göra minst två saker: 1) särskilja oklippta plasmider från skär, nickade plasmider och skurna plasmider och, 2) uppskatta storleken på de olika DNA-fragment med en standardkurva Excel eller miniräknare.
Så här fungerar det.
Kontrollera din laboratorie-anteckningsbok för att avgöra vilka prover som laddades i vilka körfält. När du laddade brunnarna för din gel, borde du ha angett identiteten för varje körfält / prov.
Bestäm vilken körfält som innehåller "stegen" av DNA-standarder. Dessa är fragment med känd längd; deras migrationsavstånd kan användas för att bestämma storleken på provfragmenten med hjälp av en standardkurva Excel eller en annan kalkylator.
Med en linjal, mät avståndet på din bild från brunnarna till spårningsfärgämnet, som kommer att ha färdat längre än något av DNA-bandet (med andra ord, det kommer att ligga längst ner på gelén). Spela in detta nummer - de enheter du använder är inte viktiga.
Mät avståndet på din bild från brunnarna till vart och ett av banden i "stegen" och dela sedan avståndet med avståndet som spårningsfärgbandet har rest. Denna beräkning ger dig den relativa rörligheten för varje band.
Exempel: Anta att spårningsfärgbandet reste 6 tum och vi har tre band som reste 5, 4,5 och 3,5 tum.
Vad är deras relativa rörlighet? Svar: Vi delar 5, 4.5 och 3.5 med 6 för att få relativa rörelser på 0,833, 0,75 och 0,5833.
Ange de relativa mobiliteterna i ditt kalkylprogram (Excel eller något annat liknande program som du använder) tillsammans med storleken i kilobaser för varje fragment i stegen.
Tillverkaren ger dig storleken på varje fragment i stegarna de levererar, så du bör redan ha den här informationen.
Grafera uppgifterna med relativ rörlighet på x och storlek i kilobaser på y.
Använd Trendline-funktionen i ditt kalkylbladsprogram för att passa en ekvation till data. Denna ekvation bör vara en effektekvation (t.ex. x ^ -2) och bör passa data relativt bra (R-koefficient på minst 0,9). Detta skapar en kurva och en standardkurva Excel.
Titta på band som motsvarar dina prover.
Kom ihåg att mindre DNA-fragment reser längre genom gelén än stora DNA-fragment, så de som är närmast spårningsfärgämnet kommer att vara de minsta. Observera dock att om plasmid (cirkulärt) DNA är oklippt kommer det att bli "supercoiled" eller vridet som en telefonsladd, vilket faktiskt får det att resa längre än linjärt DNA av samma storlek.
Likaså kommer en "nickad" plasmid som har klippts ofullständigt att resa a kortare avstånd än linjärt DNA av samma storlek. Följaktligen kan du inte uppskatta storleken på oklippta plasmider från din gel.
Matcha banden i varje körfält med identiteten på det prov du laddade i den körfältet och avgör om det du ser är vad du skulle ha förväntat dig. Detta beror på ditt experiment.
I allmänhet, om du digererade en insatsplasmid med två restriktionsenzymer, kan du dock förvänta dig att insatsen skulle frigöras från plasmiden.
Eftersom den är mycket mindre än plasmiden, kan du förvänta dig att se två band i den körfältet, ett nära toppen och det andra nere i botten. Ett plasmidsnitt med endast ett restriktionsenzym bör endast bilda ett enda band som rör sig lite längre än plasmidskäret med två restriktionsenzymer, men ingenstans nära så långt som skäret.
Mät avståndet från brunnarna till den skurna plasmiden och sätt i band med din linjal. Dela upp dessa siffror med avståndet som spårningsfärgämnet har funnit för att hitta relativ rörlighet för skär och skurna plasmider.
Anslut den relativa rörligheten för skär och skär plasmider i ekvationen som ditt kalkylprogram har beräknat för dig. Denna beräkning bör ge dig en uppskattning av storleken på dessa plasmider.